A explosión no aeroporto do Barajas abriu tamén unha fenda na esquerda independentista vasca. Segundo El Correo, diferentes militantes da ilegalizada Batasuna aproveitaron algunhas reunións para expresar o seu malestar coa actuación de ETA durante a tregua. Esta información asegura que hai un importante sector, liderado por Arnaldo Otegi e Rafael Díez, que cuestiona a "nula autonomía" que ten o movemento político. Fontes citadas polo xornal vasco sinalan que a disidencia interna cre que non houbo unha estratexia clara de ETA e que houbo moitos erros políticos no proceso de paz.